Le Edizioni Il Polifilo sono state fondate nel 1959 dallo scrittore Alberto Vigevani (1918-1999), che, dopo aver preso parte alla fondazione di "Corrente" insieme con Sereni, De Grada, Treccani e altri, nel 1941 apre la libreria antiquaria Il Polifilo, alla quale chiamerà a collaborare il fratello Enrico, che oggi la dirige.

Dal 1968 nella direzione della casa editrice gli è a fianco il figlio Paolo, che continua a pubblicare libri che si distinguono per l'elevatissima qualità dei contenuti e della tipografia.

Per la casa editrice fu scelto il nome del Polifilo, lo stesso della libreria antiquaria, che deriva da quello che forse è il più bel libro italiano, un libro avvolto da un alone di mistero, la Hypnerotomachia Poliphili (Polifilo appunto) edito nel 1499 da Aldo Manuzio.

Le Edizioni Il Polifilo appartengono a quella categoria di editori che, del libro, vedono anche il lato estetico e quindi sono attenti alle materie che lo compongono, la carta, i caratteri, la legatura, accoppiando varietà di interessi e forza di contenuti al gusto raffinato della forma, rendendo l'opera dell'editore un'opera creativa e coerente e in questa prospettiva, fin dall'inizio, hanno impostato un vasto disegno, legato a un orientamento preciso di cultura.